장내미생물 생태계의 불균형을 초래하는 환경 요인은 신체 조직 전반에 걸쳐 생리적 반응과 질병 관련 반응을 일으킬 수 있다. 하지만 부계의 장내 미생물이 생식세포와 자손의 건강에 미치는 영향은 아직 밝혀지지 않았다.